Bagaimana mengurus sisa pertanian seperti najis ternakan yang mencemarkan sungai?

Penternakan intensif tertakluk pada kawalan di bawah Akta Kualiti Alam Sekeliling jika skalanya besar. Najis ternakan yang menjejaskan sumber air boleh dianggap pelepasan tercemar. JAS boleh menetapkan syarat tangki takungan atau sistem rawatan sisa. Pihak berkuasa tempatan juga mungkin mewajibkan pelan pengurusan sisa. Jika didapati mencemarkan sungai, penternak boleh dikenakan tindakan undang-undang serta diwajibkan membuat rawatan efluen sebelum dilepaskan.