Bolehkah pendidikan agama diuruskan berasingan di bawah Undang Pendidikan Islam negeri?

Sekolah agama rakyat atau sekolah agama negeri selalunya diletakkan di bawah bidang kuasa Majlis Agama Islam Negeri atau Jabatan Agama Negeri, berasaskan Enakmen Pendidikan Islam negeri masing-masing. Walau bagaimanapun, jika mereka menawarkan subjek akademik kebangsaan dan memohon dana kerajaan, mereka perlu mematuhi sebahagian peruntukan Akta Pendidikan 1996. Terdapat dwi-kawalan: satu di bawah pihak berkuasa agama, satu lagi di bawah Kementerian Pendidikan. Ini bergantung pada status pendaftaran dan tahap integrasi kurikulum.